Las judías mágicas son un tipo de semillas especiales de colores rojo, azul, amarillo y verde, que podemos plantar en distintos agujeros de tierra que se encuentran a lo largo de todo el mapeado del juego.
Nos las vende un hombre que está junto a una verja de metal en el Río Zora, pero sólo cuando somos Link Niño. El hombre, nos vende un máximo de 10 judías mágicas, aumentando cada vez más el precio a medida que las compramos. Por ejemplo, la primera vale 10 rupias, y van aumentando de 10 en 10: la segunda 20 rupias, la tercera 30 rupias, la cuarta 40 rupias… Hasta llegar así a 100.
Si las plantamos en esos agujeros especiales siendo Link Niño, cuando seamos Link Adulto y lleguemos a esos mismos lugares, veremos que las judías han crecido hasta convertirse en unas plantas bastante grandes, en las que, al subirnos encima, nos transportan por el aire hacia nuevas zonas a las que no podíamos acceder antes y en las que podemos encontrar desde Skultullas Doradas y Rupias,
a Piezas de Corazón.
La localización de los agujeros en los que crecen las judías son las siguientes:
Río Zora: Junto al hombre regordete que nos vende las judías.
Bosque Kokiri: Está justo detrás de la Tienda de Objetos.
Bosque Perdido: Al entrar en el Bosque, giramos a la izquierda, luego a la izquierda, y llegamos justo a la zona desde la que se ve el puente de madera colgante. Justo al entrar, está el agujero.
Bosque Perdido: Al entrar en el Bosque, giramos a la derecha, luego a la izquierda, después a la derecha, a continuación a la izquierda, y, por último, a la izquierda. Allí veremos a dos extraños seres que nos venden cosas. Delante de uno de ellos, está el agujero.
Lago de Hylia: Se encuentra al lado del Laboratorio, a la izquierda de la pared de la chimenea y detrás de una pared de la casa.
Valle Gerudo: (Éste es complicado de localizar) Está en una zona de piedra que se encuentra junto al río que está debajo del puente de madera colgante. Para acceder a ella, tenemos que saltar con la gallina que está por allí cerca en brazos, desde la derecha, para llegar hasta ella.
Coloso del Desierto: Al lado del Templo del Espíritu, a la izquierda de la entrada.
Cráter de la Montaña de la Muerte: Al lado de la plataforma en la que aparecemos nada más tocar el Bolero de Fuego.
Cementerio de Kakariko: En la zona elevada de la izquierda junto a unas tumbas.
Sendero de la Montaña de la Muerte: Junto a la entrada de la Cueva de los Dodongos, junto a un Goron.
